Didžiaja dalimi biodujų gamybos kokybinius rodiklius įtakoja naudojamų žaliavų sudėtis ir kokybė. Kuo jos yra kaloringesnės, kuo greičiau ir efektyviau yra, tuo daugiau biodujų pagaminama, todėl biodujų gamybos procese gana svarbus žaliavinio substrato hidrolizės etapas. Jo metu ištirpsta tirpieji komponentai, ilgos angliavandenilių struktūros suskyla į trumpesnes, sunaudojamas vandenyje ištirpęs deguonis. Taigi, hidrolizės įrenginiai pagerina žaliavos pabaudojimo efektyvumą, padidina biodujų išeigą  ir metano koncentraciją jose. Hidrolizės procesas vyksta nuo kelių valandų iki kelių dienų, o jo efektyvumas pasiekiamas, esant žemesnei terpės temperatūrai nei biodujų gamybos anaerobiniame reaktoriuje metu, todėl hidrolizės procesas vykdomas atskirose talpose, palaikant tik jam reikalingas sąlygas. Priklausomai nuo biodujų jėgainės našumo substarto hidrolizei naudojamų įrenginių kiekis gali būti nuo vieno iki kelių, o jų tūriai yra eile mažesni nei anaerobinių rektorių ir siekia nuo kelių šimtų iki kelių tūkstančių m3.