Biodujas naudojant kaip kurą kogeneracinėse jėgainėse elektrai ir šilumai gaminti, tokios priemaišos kaip anglies dioksidas, deguonis, azotas, nedideli kiekiai sieros vandenilio, amoniako ir kitų priemaišų jėgainėms nekenkia, tačiau, norint biodujas panaudoti kaip kurą transportui arba jį paduoti į gamtinių dujų tinklą, labai svarbu iki minimumo sumažinti šių teršalų kiekį, paliekant kuo grynesnį biometaną, kuriame metano koncentracija būtų kuo didesnė. Tokiems siekiams įgyvendinti pasaulyje naudojamos kelios biodujų valymo technologijos, tačiau beveik visos jos turi pirminio valymo etapą, kurio metu iš žaliavinių biodujų pašalinami kenksmingi teršalai: drėgmė, sieros vandenilis, amoniakas, siloksanai ir kt. Drėgmė šalinama atšaldant dujas iki reikiamo rasos taško temperatūros, sieros vandenilis, siloksanai ir kai kurie kiti teršalai šalinami biodujas praleidžiant per aktyvuotos anglies filtus, amoniakas – išplaunamas. Po pirminio valymo lieka švarus metano ir anglies dioksido mišinys, kuris toliau nukreipiamas į antrojo valymo etapo įrenginius.