Hidrolizuotas substaratas (atskirais atvejais ir nehidrolizuotas) patalpintas į didelio tūrio anereobinius pūdytuvus, kuriuose, palaikant reikiamą temperatūrą, tęsia irimo procesą ir galutiniame metanogenezės proceso etape pradeda iškirti biodujas, savo sudėtyje turinčias pagrindinius jų komponentus metaną 45-70 proc. ir anglies dioksidą 50-25 proc. Nedidelę, bet labai nepageidaujamą biodujų dalį visuomet sudaro agresyvios dujos (sieros vandenilis, amoniakas ir kt.) ir balastinės dujos (deguonis, azotas ir kt.), kurios gali būti įneštos dėl tam tikrų technologinių ypatumų.

Pūdytuvų kiekis ir tūris skaičiuojamas kiekvienai biodujų jėgainiei, atsižvelgiant į žaliavų sudėtį, jų tiekimo svyravimus metų eigoje, vietovės ir vietos ypatumus. Daugeliu atveju statomi du arba trys pūdytuvai, siekiant užtikrinti tam tikrą jų rezervavimą remonto ar valymo metu. Be to, mažesnius pūdytuvus lengviau eksploatuoti, jie gali būti žemesni ir gražiau integruojasi į aplinką.